"Mørke stof" af Life: Mystiske Bakterier Captured


"Mørke stof" af Life: Mystiske Bakterier Captured
Credit: Bakterier billedet via Shutterstock

Genomet af mystiske bakterier, der lurer i hospital afløb er blevet sekventeret.

Lave niveauer af bakterier, kendt kun som kandidat phylum TM6, er blevet fundet i vandsystemer verden over, men fordi de ikke kunne dyrkes i laboratoriet, blev næsten intet vides om dem.

Den nye forskning, detaljeret dag (juni 10) i tidsskriftet Proceedings of National Academy of Sciences, kunne være det første skridt i at forstå præcis, hvad disse bakterier gør, sagde undersøgelse medforfatter Jeffrey McLean, en mikrobiel genetiker ved J. Craig Venter Institute i La Jolla, Californien.

"De er denne mørke spørgsmål om liv," McLean sagde. "Vi holder se dem, men vi har ikke andre oplysninger om dem. Vi ved ikke, hvad de laver i miljøet. Det kunne spænde fra at være gavnlig for at være skadelige."

Mørkt stof

Selvom kendte bakterier få alle de overskrifter, alle omkring os er et væld af andre mikrober om, hvilke lidt er kendt. Forskere lejlighedsvis opdage spor af DNA fra disse flygtige bakterier, men kender næsten intet om, hvad de gør, og om de er skadelige.

I 1996 forskere først identificeret en sådan fejl, som de døbt Candidate Række TM6. Bakterierne syntes at gennemsyre verdens vandsystemer.

For at identificere de mystiske bakterier, McLean og hans kolleger skrabet gunk fra et hospital sink hjerneflugt. Den goo indeholdt generne fra et væld af forskellige bakterier, så holdet brugte fluorescerende tags til at identificere DNA inde enkeltceller.

Når de fandt enkelte celler, de adskilt dem og derefter brød DNA fra de enkelte celler i uddrag. Derefter sammenlignede at DNA med kendte genomer for andre bakterier, både for at fjerne kendte bakterier og til at rekonstruere et genom for ukendte arter. [Unraveling Genome: 6 Molekylære Milepæle]

Symbiotiske bakterier

De var i stand til at rekonstruere omkring 90 procent af genomet for Candidate Række TM6. Baseret på den kendsgerning, at bakterierne ikke kan foretage sin egen aminosyrer, de byggesten, der udgør proteiner, holdet mener bakterierne har brug for en vært at overleve. TM6, siger de, kan leve enten på en encellet mikroorganisme kaldet en amøbe, eller oven på en anden bakterie, der danner en biofilm, en slimet blanding af bakterier, der klæber til overflader, sagde McLean.

Lige nu, de ikke ved, om de TM6- bakterier er skadelige eller ej, men andre fejl, der lever inde amøber er.

"Patogener som Legionella og Francisella har været i stand til at kolonisere mennesker, fordi de først koloniseret en amøbe," McLean fortalte LiveScience.

Nu hvor de har genomet, og ved, for eksempel, at TM6 brug for en vært for at overleve, forskerne håber at endelig kultur bakterien og lære, hvordan det opfører sig.

Forskningen er "en teknisk tour-de-force," siger Moselio Schaechter, en bakteriolog på San Diego State University, som ikke var involveret i undersøgelsen.

Stadig uden dyrkning af bakterier, forskerne kan ikke sige meget om dens biologi. For eksempel kan en DNA-sekvens af en bakterie fundet i en vask afløb er kun et øjebliksbillede af bakterien liv og siger ikke hvor lang tid det var der eller hvor almindeligt det er i denne placering.

Posts Carousel